2017-05-11 18:56:21 18648 [ERROR] Column count of mysql.db is wrong. Expected 22, found 20. Created with MySQL 50092, now running 50635. Please use mysql_upgrade to fix this error.
Die Datenbank wurde mit einer älteren Version (50092) vom MySQL-Server erstellt als du installiert hast (50635).
Lösungsansatz:
1. mysql_upgrade -u root
2. service mysql-server restart
Wenn danach eine ähnliche Fehlermeldung wie diese kommt [ERROR] InnoDB: The Auto-extending innodb_system data file '/var/db/mysql/ibdata1' is of a different size 4864 pages (rounded down to MB) than specified in the .cnf file: initial 8192 pages, max 0 (relevant if non-zero) pages!
dann folgendes:
ee /usr/local/etc/mysql/my.cnf
In der Datei im [mysqld] Block den Wert der Konfigurationseinstellung innodb_data_file_path auf folgenden ändern ibdata1:10M:autoextend
Noch ein edit:
In deinem Mysql Error Log steht, dass dein Server nicht auf den Mysql Server verbinden kann. Sicher, dass Mysql läuft?
Wenn es mit dem socket mysql_real_connect: Can't connect to local MySQL server through socket '/tmp/mysql.sock' (61) trotzdem Probleme gibt nachdem du die o.g. Schritte ausgeführt hast dann binde den Mysql Server nicht an localhost sondern an die IP 127.0.0.1. Dadurch wird eine Verbindung über das TCP/IP Protokoll hergestellt und nicht über einen Socket/Pipe.
Das kannst du übrigens testen mit dem Befehl mysql -h localhost oder mysql -h 127.0.0.1. Mehr Infos gibt es mit netstat -nlp.